у меня всегда одни и те же на тех же местах
Тут, возможно, что влияет то, сколько ты не заходил на конкретную локацию (имхо, конечно), точнее, как долго не собирал на ней кристаллы. Если ты только что вышел с неё, да ещё и перед этим пособирал кристаллы, записался и пытаешься несколько раз перезайти для сравнения - то, скорее всего, ничего толком не обновится - ибо нечему обновляться.
Возможно, что эта схема действует не на всю локацию целиком, а на отдельные плантации...
А если ты не был долго (по моим субъективным ощущениям - от игровых суток и более) - то перезаход может дать ощутимую разницу. Причём, такое ощущение, первые два-три перезахода меняют ситуацию относительно первого в худшую сторону - большая часть мест спавна кристаллов опустошается, вместо трёх-четырёх, которые тебе попались в первый заход, остаётся, например, один.
И только последующие перезаходы что-то ощутимо меняют. Было так у меня.
Бывает и слегка по-другому: перезашёл, кристаллы вроде бы исчезли, не видно их - а на самом деле провалились под текстуры. Если потыкаться в те места с зажатой кнопкой - надпись "Кристалл" есть, а сам он, зараза, провалился. Вот, кстати, после таких случаев я и перезаходил несколько раз - уже ради эксперимента. Ищи - и обрящешь. 